Das 1909 in Charlottenburg gegründete "Kaiserin-Auguste-Victoria-Haus zur Bekämpfung der Säuglingssterblichkeit im Deutschen Reich", das von Beginn an bereits eine eigene Frühgeborenenstation hatte, wurde nach der Teilung der Stadt zur Kinderklinik der Freien Universität Berlin. 1974 bekam die Neonatologie dort den Status einer eigenen Abteilung. Nach der Fusion des Universitätsklinikums Charlottenburg mit dem Rudolf-Virchow-Krankenhaus und dessen Kinderklinik in der Reinickendorfer Straße zog die Neonatologie wie alle anderen Kinderklinikabteilungen des Kaiserin-Auguste-Victoria-Hauses 1995 in das Virchow-Klinikum am Augustenburger Platz. An der Freien Universität wurde 1991 im Klinikum Steglitz, dem späteren Universitätsklinikum Benjamin Franklin, eine weitere Kinderklinik mit Neonatologie gegründet, die 2003 mit der Klinik für Neonatologie im Virchow-Klinikum zusammengelegt wurde. An der Kinderklinik der Charité in Mitte wurde 1970 eine Abteilung für Neonatologie ins Leben gerufen. 1992 wurde daraus die Klinik für Neonatologie am Campus Charité-Mitte. 2008 erfolgte die Vereinigung aller Neonatologien der Universitätsmedizin CharitéBerlin in eine gemeinsame Einrichtung von Freier und Humboldt-Universität zu Berlin. Nach dem Wegfall der Geburtshilfe am Standort Steglitz im Jahre 2010 sind die Neugeborenen-Intensivstationen auf die beiden Standorte Virchow-Klinikum und Charité-Mitte konzentriert.